Este complexo foi construído pelo famoso arquiteto da altura, Nikephoros, sob as ordens do imperador Johannes Komnenos II e sua mulher Irene, no primeiro bairro do século XII. É constituído por duas igrejas adjacentes, entre elas a capela funerária, o hospital, lares, asilos e os dormitórios dos padres. As igrejas eram dedicadas a Jesus Cristo e Maria, e a capela entre elas era dedicada ao arcanjo S. Miguel.

A igreja Pantokrator é a segunda maior igreja de Istambul, que ainda resiste, a seguir a santa Sofia. No mosteiro trabalhavam 700 pessoas. Gennadios que seria o patriarca depois da conquista de Istambul pelos otomanos, esteve aqui preso. Depois da conquista, as igrejas eram transformadas em mesquitas e o mosteiro transformados em medresa. Nos anos seguintes, os edifícios da medresa abandonada devido à perda da sua importância e a igreja usada como mesquita, foram negligenciadas. Os mosaicos coloridos e os vitrais restantes nas janelas são amostras raras da magnificência arcaica da igreja e que sobreviveram.

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